Vedení univerzity tvoří rektor, prorektoři (pro tvůrčí činnosti, pro pedagogickou činnost, pro internacionalizaci, pro vnitřní a vnější vztahy a pro rozvoj), a dále kvestor, kancléř a předseda Akademického senátu UTB.
Akademický senát UTB je samosprávným zastupitelským orgánem univerzity. Volí rektora, schvaluje vnitřní předpisy univerzity a fakult, dohlíží na finanční záležitosti univerzity a projednává mnoho dalších důležitých záležitostí. Každá fakulta UTB je v něm zastoupena čtyřmi akademickými pracovníky a dvěma studenty, takže má celkem 36 členů.
Detailní informace o struktuře a orgánech UTB najdeš zde.